Em um mundo onde surgem falsos filósofos trazendo as mais diversas teorias da conspiração com eles, é bom lembrarmos de um dos verdadeiros filósofos que passaram pela história: Platão. Com certeza, a alegoria mais famosa dele continua sendo o Mito da Caverna que explicava a sociedade grega como vivendo dentro de uma caverna, com medo de sair porque viam várias sombras gigantes e assustadoras. Porém, algumas pessoas seriam mais curiosas e gostariam de buscar compreender o que havia fora daquela caverna. Depois quando voltava para contar aos outros, eles preferiam não acreditar e viver na ilusão de que só existia a sua caverna.
Essa metáfora sobre a busca pelo conhecimento serviu de base para que as irmãs Wachowski criassem Matrix que coloca-nos para viver dentro de uma simulação e apenas aqueles que tivessem conhecimento conseguiriam enxergar os bugs dessa simulação.
O filme começa com vários policiais caçando Trinity, mas no fim todos acabam sendo mortos. Agente Smith lidera uma nova equipe em busca dela. Trinity corre até um orelhão e atende o telefone, levando ela de volta para o mundo real.
Enquanto isso, vemos o hacker que usa o codinome Neo recebendo uma chamada misteriosa pelo computador, dizendo que a Matrix iria encontrá-lo e que era para ele seguir o coelho branco. Nesse momento, toca a campainha e um grupo de pessoas aparecem pedindo pelo disquete que ele havia programado. (para os mais novos, disquete é o avô do pen drive)
Claro que a ideia de colocar um hacker como protagonista é genial, afinal ninguém melhor para identificar falhas em uma simulação do que alguém cujo trabalho é exatamente esse.
Um dos caras comenta que Neo estava meio pálido e que ele devia sair mais, ele nega mas a garota que estava do lado insiste. Neo percebe que a garota tinha uma tatuagem de um coelho branco e decide segui-la até a festa onde eles iam.
Na festa, Neo encontra Trinity que lhe conta que Morfeu quer encontrar com ele e que ela sabe que ele percebe que tem algo de errado com o mundo.
No dia seguinte, Neo leva uma bronca do chefe por chegar atrasado e vai para a sua mesa. Um mensageiro entrega para ele um telefone, onde Morfeu fala para ele que estavam perseguindo ele. Morfeu pede para Neo seguir suas ordens para chegar até o andaime, porém em um momento Neo deixa o telefone cair e acaba sendo pego pelos agentes.
Os agentes levam ele para uma sala de interrogatório, onde o Agente Smith pede para que Neo ajude eles a prender Morfeu. Neo se nega e os agentes prendem ele e enfiam um tipo de inseto-robô que penetra o umbigo dele. Neo acorda em casa como se tivesse tido um sonho e recebe a ligação de Morfeu que pergunta se ele ainda quer se encontrar com ele. Neo responde que sim e é levado de carro por Trinity e outros membros do grupo. No caminho, Trinity pede para Neo tirar a camisa e ela usa um mecanismo para arrancar o tal inseto-robô de dentro dele.
Eles chegam no prédio onde Morfeu está. Morfeu oferece a Neo duas pílulas, uma azul que faria ele acordar de volta no seu apartamento e continuar vivendo na mentira ou a pílula vermelha que seria um caminho sem volta, revelando a verdade.
Neo toma a pílula vermelha e é levado para uma sala onde Apoc e Cypher preparam para que ele não tenha uma parada cardíaca quando acorde. Ele acorda dentro de um casulo todo de fluidos ao lado de diversos outras pessoas que também estavam presas. Algo puxa ele, fazendo ele cair em um tipo de esgoto. Nesse momento, Morfeu lhe dá as boas-vindas ao mundo real.
